Le nom original de cette baie, d’après les premiers marins, était la baie à bosse - Humpback Bay (en espagnol, bien sûr). Dès que les espagnols sont arrivés, le nom est devenu (baie des drapeaux) Bay of Flags. Le nom original était le meilleur choix puisque des baleines à bosse arrivent tous les ans pour l’accouplage et la naissance de leurs bébés avant le retour vers l’Alaska.